Die Existenz der Beckedorfer Kirche wird erstmals im Jahre 1320 schriftlich dokumentiert, wenn auch nur indirekt (Kirchhof). Eine mit der Pfarrei Lindhorst verbundene Kapelle wird im Jahr 1394 erwähnt.

Die Reformation wurde in der Grafschaft Schaumburg im Jahre 1394
erwähnt und im Jahr 1559 durchgeführt. 

Die Trennung der Beckedorfer Kirche von Lindhorst ist zeitlich nicht genau zu datieren. Möglicherweise wurde die Gemeinde erst im Zuge der 1647 durchgeführten Teilung der Grafschaft Schaumburg zur selbständigen Pfarrei erhoben. Kirchenbücher lassen sich jedenfalls erst ab dem Jahre 1650 nachweisen.

Das heute zu sehende Kirchengebäude wurde im Jahr 1740 auf älterem Vorgänger errichtet.
So ist der Westturm bereits eine Arbeit aus der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts, sein Kreuzgewölbe ist womöglich noch älter.

Renoviert wurde die Kirche jeweils in den Jahren 1863, 1934, 1961, 1978 und 1995 (Turm).